A Szegeden működő egyetem első szerves kémiai professzora Széki Tibor 1924-től 1935-ig vezette az I. sz. Kémiai Intézetet, amelynek feladata a szerves kémia és a gyógyszerészi kémia oktatása volt. Széki Tibor a századforduló óta a Kolozsvári Egyetem Vegytani Intézetében dolgozott Fabinyi Rudolf – a magyar szerves kémikus iskola megteremtője – mellett. Fabinyi elődje Fleischer Antal volt, aki több éven keresztül Kekulé mellett dolgozott. Széki professzor tudományos téren jelentős munkát végzett a népi gyógyászatban széleskörűen használt csípős ízű, a Kolozsvár környéki erdőkben díszlő kapotnyak (Asareum europeum) egyik hatóanyagának, az azaronnak a kémiai átalakításával kapcsolatosan. Ezek a kutatási eredmények vezettek a csípős íz és a kémiai szerkezet összefüggéseinek tanulmányozásához. Széki professzor munkatársai voltak Bruckner Győző, Földi Zoltán és Vargha László magántanárok, Kőszegi Dénes adjunktus és Vinkler Elemér gyakornok. Széki professzor nagy erőfeszítéseket tett a korszerű oktatás feltételeinek megteremtéséért, a modern laboratóriumi metodikák bevezetéséért. Bruckner Győző számára 1928-ban tanulmányi ösztöndíjat szerzett a Nobel-díjas Pregl grazi laboratóriumába, a kvantitatív mikroanalitikai módszerek elsajátítására. Ennek eredményeként 1929-ben az intézetben jött létre az ország első mikroanalitikai laboratóriuma. Ezekben az években Bruckner professzor fő kutatási területe: aminoalkoholok előállítása és vizsgálata. Ezek a kutatások az N→O acilvándorlás felismeréséhez, az efedrin egy érdekes szintézisének megvalósításához és egy új, széleskörűen alkalmazható izokinolinszintézis kidolgozásához vezetettek.

Széki professzort 1935-ben meghívták Budapestre az I. sz. Kémiai Intézet igazgatójának. Egyetemünkön az oktatás és a kutatás irányítása – néhány hónapos átmenet után – Szent-Györgyi Albert professzor (1935–1940), az Orvosi Vegytani Intézet igazgatója vezetésével folyt, aki 1937-ben kapta meg az orvosi Nobel-díjat a biológiai oxidáció katalízise terén és a C-vitamin kutatásában elért eredményekért. Irányítása alatt Vargha László a C-vitamin kémiai reakcióinak tanulmányozásában, valamint a szénhidrátok kémiájában ért el igen jelentős eredményeket, Bruckner Győző pedig a citrin kémiai természetének felderítésében.

Bruckner Győzőt (1940–1949) 1938-ban nyilvános, rendkívüli tanár címmel ruházták fel, majd 1940 októberében nyilvános rendes tanár lett az új nevet kapott intézet, a Szerves és Gyógyszerészi Vegytani Intézet vezetőjeként. Az intézet munkatársai: Fodor Gábor, Kőszegi Dénes, Kiss József, Kovács József, Vinkler Elemér, valamint Kovács Ödön, Mecher Tibor és Wein János. Ezen időszak alatt Bruckner professzor a korábbi, az izokinolinnal és az acilvándorlással kapcsolatos kutatásait tovább folytatta a régebbi és az új munkatársakkal. Ebben az időszakban indultak meg a peptidkutatások is, amelyek első jelentős eredménye a lépfene bacillus tokanyagából a D-(-)-glutaminsavnak, majd polimerjének izolálása volt. Bruckner professzor jelentős eredményeket ért el munkatársaival a diénszintézis kutatásában is. Bruckner professzort 1950-ben, Széki professzor nyugállományba vonulása után meghívták, a budapesti Szerves Vegytani Intézet vezetőjének.

1950-ben Fodor Gábor professzort nevezték ki tanszékvezetőnek, aki 1947 óta intézeti tanár volt. Fodor professzor (1950–1957) munkatársai: Kiss József, Kovács Ödön, Koczka Károly, Halmos Miklós, Ötvös László, Tóth József, Vincze Irén, Bánfi Dezső, Lestyán János, Mészáros Lajos, Dutka Ferenc és Weisz Imre.

Fodor professzor vezetésével nagy létszámú kutatógárda működött közre abban a nagyszabású térkémiai kutatási programban, amely a tropánvázas alkaloidok szerkezetfelderítésére irányult. E fő terület mellett tovább folytatódott az N→O acilvándorlás sztereokémiájának vizsgálata és új kutatások indultak a szfingozin térszerkezetének felderítésére.

Fodor professzor vezetése alatt az intézet területileg és felszereltségben is jelentősen gyarapodott. Új szerves kémiai jegyzetet készített (ez a későbbi könyve alapja), melyben a sztereokémiái szemléletet helyezte előtérbe; valamennyi oktatási forma újjászerveződött, korszerűsödött. 1957-ben Fodor professzor Budapesten az MTA Sztereokémiai Kutatócsoportjának vezetője lett.

Utódjául közvetlen munkatársa, Kovács Ödön docens (1957–1964) kapott tanszékvezetői kinevezést. Folytatódott az alkaloidokat is magukba foglaló heterociklusos vegyületek sztereokémiájának kutatása (Koczka Károly, Bernáth Gábor) és több új kutatási irány is elindult: a kis gyűrűk kémiája (Kovács Ödön, Bartók Mihály, Schneider Gyula), a gyógyszerkémiai kutatások (Földeák Sándor, Matkovics Béla), valamint a módosított szteroidok előállítása és vizsgálata (Kovács Ödön, Halmos Miklós, Matkovics Béla, Schneider Gyula, Vincze Irén). Ekkor indultak meg az organikus katalízis területére eső alapkutatások is (Bartók Mihály). Kovács Ödönt 1964-ben az ELTE Szerves Kémiai Tanszékére helyezték át, utódjaként pedig Bruckner professzor tanítványát, Kovács Kálmánt (1964–1973) nevezték ki tanszékvezetőnek.

Kovács professzor vezetésével peptidkémiai kutatócsoport létesült (Baláspiri Lajos, Penke Botond). Elsősorban a modern szintézismódszereket alkalmazták, jelentős fiziológiás hatású módosított szerkezetű oligopeptidek szintézisére. Tovább folytatódott a heterociklusus vegyületek és a szteroidok kutatása, valamint a szerves katalízis tanulmányozása. Az 1958–1972 közötti időszakban a sztereokémiai, gyógyszerkémiai, biokémiai, peptid- és szteroidkémiai, valamint az organikus katalízis terén elért kutatási eredményekről hazai és külföldi szaklapokban számos dolgozat jelent meg.

1973-ban Bartók Mihály (1973–1994), 1994-ben Schneider Gyula (1994–1996), majd pedig Penke Botond (1996–1999) professzorokat nevezték ki a tanszék vezetőjének. Az oktatandó diszciplínák köre folyamatosan bővült. A Szerves kémia, Elméleti szerves kémia, Természetes szénvegyületek kémiája és a Fémorganikus kémia című főkollégiumok mellett az elmúlt időszakban számos, változatos tematikájú kurzusok programjának összeállítására és bevezetésére került sor: Gyógyszerkémia, Növényvédőszer-kémia, Sztereokémia, Szteroidok kémiája, Új szintézismódszerek, Heterociklusos vegyületek kémiája, Fehérjék és nukleinsavak kémiája, Szénvegyületek átalakulása heterogén katalizátorokon, Heterogén katalitikus reakciók sztereokémiája, stb.

A múlt század utolsó negyedében folytatott kutatómunka lényegében két fő témakörbe (szintetikus szerves kémia, organikus katalízis) sorolható. Az egyik terület különböző szénvegyületek, túlnyomórészt heterociklusos vegyületek (Bartók Mihály akadémikus. Bernáth Gábor egyetemi tanár az MTA doktora, Földeák Sándor és Göndös György egyetemi docensek, kandidátusok) és szteroidok (Schneider Gyula és Vincze Irén egyetemi tanárok, az MTA doktorai), illetve azok módosított származékainak szintézise, a reakciók mechanizmusának és sztereokémiai lefutásának tanulmányozása, valamint a szintetizált vegyületek hatástani vizsgálata. Jelentős alapkutatási eredmények születtek a fenti témakörökben, emellett néhány vegyület a humán gyógyászatban (Elysion) és a növénytermesztésben (feromonok, rovarhormonok, rágcsálóirtószerek) is alkalmazásra került.

A másik terület különböző szénvegyülettípusok heterogén katalizátorok hatására végbemenő átalakulásainak tanulmányozását jelentette, főként a katalizátorok hatásmechanizmusának megismerése és új szintézismódszerek kidolgozása érdekében (Bartók Mihály akadémikus, Molnár Árpád és Notheisz Ferenc egyetemi tanárok, az MTA doktorai). A katalízis kutatása során elért legfontosabb eredménynek tekinthetők: új reakciótípusok felismerése, új katalitikus eljárások kidolgozása különböző szénvegyületek előállítására, egyes ismert reakciótípusok törvényszerűségeinek pontosítása, új összefüggések feltárása a fémkatalitikus reakciók sztereokémiája terén. Emellett a Wiley kibocsátotta a Stereochemistry of Heterogeneous Metal Catalysis című monográfiát, amely a fémkatalitikus szerves kémiai reakciók sztereokémiájáról kiadott első összefoglaló jellegű munka a katalízis nemzetközi szakirodalmában. 1996-ban az MTA a Tanszéken létrehozta az Organikus Katalízis Kutatócsoportot, amely az MTA anyagi támogatásával végezte kutatásait a heterogén katalitikus reakciók sztereokémiája és a heterogén katalitikus királis szintézisek terén.

A Szerves Kémiai Tanszéken ekkor hatan az MTA doktorai (Bartók Mihály, Molnár Árpád, Notheisz Ferenc, Penke Botond, Schneider Gyula, Vincze Irén), tízen a kémiai tudomány kandidátusai (Apjok József, Göndös György, Kiss János, Mastalir Ágnes, Meskó Eszter, Pálinkó István, Sárkány János, Török Béla, Zsigmond Ágnes, Wölfling János), öten PhD fokozattal (Bucsi Imre, Czombos József, Felföldi Károly, Hegyes Péter, Szendi Zsuzsanna) rendelkeztek.

A tanszékvezetői feladatokat 1999 és 2005 között Molnár Árpád, 2005-től 2006-ig Fülöp Ferenc, 2006-tól 2008-ig Tóth Gábor, 2008-tól 2022-ig Wölfling János, 2022-ben Kukovecz Ákos professzorok látták el, a jelenlegi megbízott tanszékvezető pedig 2023-tól Enyedy Éva Anna egyetemi docens.

Az elmúlt két évtizedben a Tanszék sajnálatos módon egyre csökkenő létszámmal oldja meg oktatási és kutatási feladatait, közöttük a bolognai rendszerre történő áttérést. Ennek ellenére új kurzusok indultak (A gyógyszerkutatás szerves kémiája, Bioszerves kémia, Kémiai információkeresés, Szerves kémia haladóknak, Szerves reakciómechanizmusok, stb.) Fokozódott a Tanszék aktivitása a doktoranduszképzés területén, a PhD-hallgatók létszáma 2022-ben 15 fő.

A kutatások az alábbi, korábban sikeresen művelt, valamint új tématerületeken tovább folytak, illetve jelenleg is folyamatban vannak: amorf fémötvözetek szerkezetvizsgálata és katalizátorként történő alkalmazásaik tanulmányozása, új katalizátorok előállítása szerkezet- és felületmódosítással és ezek alkalmazása szerves kémiai szintézisekben (Molnár Árpád); új, főként heterociklusos szteroidszármazékok előállítása, szerkezetfelderítése és – együttműködések keretében történő – biológiai hatásvizsgálata (Schneider Gyula, Vincze Irén, Wölfling János, Frank Éva, Mernyák Erzsébet); az átmeneti fémkomplexek (amelyek szerencsésen ötvözhetik a homogén és a heterogén katalízis előnyös tulajdonságait) immobilizálása, az ilyen típusú katalizátorok alkalmazási lehetőségeinek vizsgálata (Notheisz Ferenc, Zsigmond Ágnes); reakciómechanizmusok tanulmányozása, valamint hidrogénkötéssel összetartott rendszerek készítése, az összetartó erők spektroszkópiai és számításos kémiai vizsgálata, továbbá szintetikus szilárdtestkémiai kutatások, ezen belül különféle szerves-szervetlen kompozitanyagok előállítása és a kapott anyagok műszeres (pl. IR-spektroszkópiás) és számításos módszerekkel, valamint kémiai reakciók segítségével történő jellemzése (Pálinkó István, Kiss János); grafimetek és nano részecskeméretű átmenetifémeket tartalmazó agyagásványok előállítása és jellemzése (Mastalir Ágnes), fullerénkémia és elektrofil szerves kémiai átalakítások vizsgálata (Bucsi Imre); a CO infravörös spektroszkópiai módszerekkel történő tanulmányozása (Sárkány János).

Az 1980-as évektől kezdődően a Tanszék sokoldalú, gyümölcsöző együttműködéseket épített ki külföldi kutatócsoportokkal (G.V. Smith, Southern Illinois University, Oláh György, University of Southern California, L.F. Tietze, Georg-August Universität, Göttingen). Ezek eredményeként a Tanszék munkatársai társszerzőként közreműködtek újabb sikeres könyvek publikálásában: Hydrocarbon Chemistry (G.A. Olah, Á. Molnár, két kiadás), Superacid Chemistry (G.A. Olah, G.K.S. Prakash, Á. Molnár, J. Sommer), Hypercarbon Chemistry (G.A. Olah, G.K.S. Prakash, K. Wade, Á. Molnár, R.E. Williams), Heterogenous Catalysis in Organic Chemistry (G.V. Smith, F. Notheisz), Heterogeneous Enantioselective Hydrogenation (E. Klabunovskii, G.V. Smith, Á. Zsigmond).

Az MTA, az egyetemi tanszéki kutatási támogatási rendszer 2007-ben történő átszervezése során, a két támogatott kutatócsoport (Organikus Katalízis és Heterociklusos Kémiai Kutatócsoport) összevonásával létrehozta az MTA-SZTE Sztereokémiai Kutatócsoportot (korábbi vezető: Fülöp Ferenc r. tag, jelenlegi: Szatmári István professzor). A kutatócsoport az aszimmetrikus szintézisek változatos kísérleti körülmények közötti vizsgálata terén végzi kutatásait, melynek során – a gyógyszer- és a finomvegyszer-iparban alkalmazható királis építőelemek szintézisének kidolgozása mellett – kiemelten a reakciók sztereokémiájára és mechanizmusára vonatkozó információk megismerésére törekszik. A kutatócsoport Szerves Kémiai Tanszéken dolgozó munkatársa 2022 végéig dr. Szőllősi György (az MTA doktora) volt.

A kőolaj kitermelési hatékonyságának növelése, új üzemanyag-keverékek kifejlesztése és egy új analitikai módszer alkalmazása a motorok károsanyag-kibocsátásának mérésére – többek között ezek a céljai a Fenntartható Zöld Kémia és Mobilitás Kompetencia Központnak, amely a Szegedi Tudományegyetemen valósul meg 4 milliárd forint támogatásból, a Magyar Olaj- és Gázipari Nyrt.-vel konzorciumban. A projektben résztvevő tanszéki munkatársak Frank Éva egyetemi docens vezetésével az első tématerülethez kapcsolódóan új származékokat szintetizálnak.

A Tanszék oktatói törzsgárdáját jelenleg egy egyetemi tanár (Wölfling János, az MTA doktora), két egyetemi docens (Frank Éva és Mastalir Ágnes; az MTA doktorai) és egy adjunktus (Mernyák Erzsébet, PhD) alkotja.