| A tárgy kódja és neve | BTCS511E Bioinformatika a molekuláris biológiában |
| Meghirdető tanszék(csoport) | Biotechnológiai Tanszék |
| Felelős oktató | Dr. Rákhely Gábor |
| Kredit | 3 |
| Heti óraszám | 3 |
| Típusa | előadás |
| Számonkérés | kollokvium |
| Teljesíthetőség feltétele | megírt zárthelyi |
| Párhuzamos feltétel | - |
| Előfeltétel | BBIT012E Biotechnológia 2., BNOE012E Növényélettan 2., BOHE012E Összehasonlító élettan 2. |
| Helyettesítő tárgyak | - |
| Periódus | őszi félév |
| Javasolt félév | 7., 8. |
| Kötelező v. kötelezően választható | kötelezően választható: B, BT |
| Megjegyzés | Specializációs főtárgy |
|
A képzés célja, hogy megismertessük a hallgatókat azokkal a kísérletes módszerekkel, amelyek a klasszikus bioinformatika adatbázisát szolgáltatják, illetve megismertetni a hallgatókkal azokat az általánosan elterjedt, alapvető algoritmusokat programokat, amelyek ezeknek az adatoknak a feldolgozását lehetővé teszi. A funkcionális genomika kísérleti alapjai. A genom szintű szekvencia analízis stratégiái. Expressziós analízis nukleinsav szinten, DNS chip technológia, in vivo expresszált gének azonosítása, differential display, szubsztraktív hibridizáció, real time PCR technológia. Expressziós analízis fehérje szinten, 2D fehérje analízis, fehérje chip technológia, fág display, élesztő és bakteriális két hibrid rendszerek. Metabolikus útvonalak térképezése metabolit analízisből ('metabolic profiling'). Új fehérjék tervezésének előállításának stratégiái. In silico módszerek: információs hálózatok, biológiai adatbázisok, (törzsgyűjtemények, biokémiai útvonalak, Genbank, EMBL, PIR stb) ezek közötti kommunikációk. A DNS lingvisztikai analízise. Fehérje kódoló régiók azonosítása. Speciális szekvenciák (promóter, szabályozó régiók, splicing), gének azonosítása. Hasonlóságanalízis, globális, lokális: a FASTA és a BLAST programcsalád. Több fehérje együttes összehasonlítása, konzervált motívumok azonosítása. Genomok egyedi és összehasonlító analízise. Metabolikus útvonalak felépítése genom szekvenciák alapján. A GCG program csomag. Membrán fehérjék, transzmembrán domének azonosítása. Fehérjék másodlagos szerkezetének jóslása. Fehérje funkció jóslása in silico. |
|